АвтоАвтоматизацияАрхитектураАстрономияАудитБиологияБухгалтерияВоенное делоГенетикаГеографияГеологияГосударствоДомДругоеЖурналистика и СМИИзобретательствоИностранные языкиИнформатикаИскусствоИсторияКомпьютерыКулинарияКультураЛексикологияЛитератураЛогикаМаркетингМатематикаМашиностроениеМедицинаМенеджментМеталлы и СваркаМеханикаМузыкаНаселениеОбразованиеОхрана безопасности жизниОхрана ТрудаПедагогикаПолитикаПравоПриборостроениеПрограммированиеПроизводствоПромышленностьПсихологияРадиоРегилияСвязьСоциологияСпортСтандартизацияСтроительствоТехнологииТорговляТуризмФизикаФизиологияФилософияФинансыХимияХозяйствоЦеннообразованиеЧерчениеЭкологияЭконометрикаЭкономикаЭлектроникаЮриспунденкция

Структурна класифікація білків, які взаємодіють із ДНК

Читайте также:
  1. II. Класифікація основних засобів
  2. III. Структурная семантика
  3. V. Герменевтика и структурная антропология
  4. Банківські рахунки та їх класифікація.
  5. БИЛЕТ 5-6Поняття про організаційні форми навчання. Класифікація форм навчання природознавству.Класифік норм навч.природозн.
  6. Біржі як елемент інфраструктури ринку. Класифікація бірж.
  7. Біржова торгівля як основа біржової діяльності. Історія еволюції біржової торгівлі. Поняття організованого ринку. Риси та класифікація організованих ринків.
  8. Біржова угода: ознаки, сутність, зміст, класифікація
  9. Бюджетна класифікація: будова, роль і призначення видатків
  10. Бюджетна класифікація: будова, роль і призначення видатків
  11. Бюджетна система України та бюджетна класифікація
  12. Вади серця: класифікація, характеристика порушень гемодинаміки.

Так само, як більшість глобулярних білків можна вписати в обмежений набір стандартних укладок глобули, структурні елементи білків, які безпосередньо взаємодіють з ДНК, можна розділити на досить обмежену кількість стандартних типів – ДНК-зв’язувальних структурних мотивів.

Мотив НТН (helixturn helix, спіраль–поворот–спіраль), приклад якого зображено на рис. 13, є найбільш розповсюдженим. Мотив складається із двох α-спіралей, часто майже перпендикулярних одна до одної, з’єднаних короткою перемичкою. Одна із цих спіралей (яка впізнає) виконує роль головки, що читає, взаємодіючи з екзоциклічними групами азотистих основ у великому жолобку подвійної спіралі. Орієнтація цієї спіралі відносно ДНК може варіювати для різних білків від приблизно перпендикулярної відносно осі подвійної спіралі до паралельної цукрофосфатному остову. Друга α-спіраль часто утворює допоміжні контакти з цукрофосфатним остовом. Взаємодія α-спіралі з великим жолобком часто зустрічається і для інших ДНК-зв’язувальних мотивів. Причина полягає в майже точній просторовій відповідності між цими двома елементами − можна сказати, що α-спіраль є просторово комплементарною великому жолобку.

Двоспіральний НТН-мотив утримується в структурі того чи іншого структурного домену − у випадку репресора фага λ, у структурі α-спірального пучка (рис. 14, а). Часто білки, що містять НТН-мотив, взаємодіють з ДНК у вигляді гомодимеру (дві однакові субодиниці) − це особливо характерно для прокаріотичних білків. Тоді дві однакові читаючі головки впізнають дві однакові послідовності, що симетрично розташовані в сайті взаємодії.

Інший приклад такого ж типу − катаболітний активаторний білок (CAP − Catabolite Activator Protein) Escherichia coli (рис. 14, б). При взаємодії гомодимеру САР зі специфічним сайтом відбувається досить значний вигин ДНК у бік білка (подвійна спіраль огортає білок). Спорідненість білка до цього сайта залежить від ліганду − сАМР (циклічного АМР − 5′ фосфат у складі нуклеотиду утворює внутрішній ковалентний зв’язок з 3′-ОН-групою рибози). Зв’язування сАМР індукує структурні змінив молекулі білка, у результаті змінюється робоча поверхня і білок набуває здатності впізнавати специфічну послідовність.

Рис. 13. НТН-мотив репресора бактеріофага λ у комплексі з ДНК (1LMB).

Рис. 14. Комплекси з ДНК гомодимерів репресора бактеріофага λ (а, 1LMB) і білка САР E. coli

(б, 1CGP − зеленим кольором позначено молекули сАМР).

Розповсюджений клас білкових мотивів, що взаємодіють із ДНК, − Zn-координуючі мотиви. Це дуже невеличкі структурні елементи, які складаються з обмеженої, недостатньої для формування жорсткої глобули, кількості сегментів вторинної структури. Іон цинку надає жорсткості такому мотиву, утворюючи координаційні зв’язки з чотирма амінокислотними залишками, частіше Cys або His. Координаційний зв’язок формується неподіленою парою електронів атомів O, N або S, яка узагальнюється з атомом металу шляхом часткового перетікання на його низьку незаповнену орбіталь. Чотири такі зв’язки створюють жорсткий каркас, який утримує білкову поверхню, що має взаємодіяти з ДНК.

Один зі структурних мотивів такого типу, що часто зустрічається, − цинковий палець (Zn finger, рис. 15, а). Він має дуже просту будову: одна α-спіраль і маленький β-шар із двох β-ділянок; одна з них і α-спіраль містять залишки, що утворюють координаційні зв’язки з Zn.

Як правило, кілька таких пальців (три на рис. 15, а), з’єднаних перемичкою, спірально обгортають великий жолобок.

Інший приклад – ДНК-зв’язувальний домен гормонового рецептора (рис. 15, б). Гормонові рецептори − це еукаріотичні фактори транскрипції, здебільшого гомодимери, які набувають споріденості з певними елементами послідовності ДНК після зв’язування з білком стероїдного гормону. ДНК-зв’язувальний домен має дві пари структурних елементів, а саме α-спіраль − суміжна нерегулярна петля, кожна пара координує іон Zn. Одна пара елементів бере участь у димеризації, інша − у взаємодії з ДНК. Зустрічаються також інші Zn-координуючі мотиви, але всі вони, як і розглянуті, реалізують взаємодію α-спіралі з великим жолобком.

Рис. 15. Три цинкових пальця у складі ДНК-зв’язувального білка (а, 1ZAA) і ДНК-зв’язувальний домен (димер) глюкокортикоїдного рецептора (б, 1GLU). Зелені сфери − іони Zn.

Ще один мотив, який взаємодіє з великим жолобком ДНК за рахунок α-спіралей − лейциновий зіпер (Leu zipper, рис. 16). Він являє собою дві довгі α-спіралі, кожну з яких можна розділити на дві частини. Одна частина обох спіралей здійснює димеризацію − за рахунок гідрофобних взаємодій між неполярними амінокислотними залишками (часто Leu, звідки назва мотиву) утворюється трохи закручена подвійна спіраль (coiled coil). Друга частина кожної α-спіралі взаємодіє з великим жолобком ДНК.

Варіацією лейцинового зіпера є мотив спіраль−петля−спіраль (helix − loop − helix) − різниця лише в тому, що кожна довга α-спіраль розділена на дві коротші, з’єднані петлею: одна пара спіралей взаємодіє між собою, інша − з ДНК.

Рис. 16. Лейциновий зіпер (1NWQ)

Усе це не означає, що тільки α-спіраль використовується для взаємодії білків з великим жолобком ДНК. У великий жолобок добре вкладається також β-шар із двох β-ділянок − саме такий шар є взаємодіючим елементом для білків типу метіонінового репресора. Численний клас білків становить родину імуноглобуліноподібних траскрипційних факторів (глобула має укладку імуноглобулінового типу), які реалізують взаємодії перемичок між ділянками β-структури з великим жолобком. Отже, хоча α-спіраль використовується частіше, реалізуються і всі інші можливості.

Усе описане не означає також, що білки взаємодіють з ДНК тільки через великий жолобок (хоча через великий − частіше). На рис. 17 зображено приклади взаємодії перемичок між α-спіралями (а) чи витягнутого поліпептидного ланцюга (б) з маленьким жолобком. У першому випадку − димер гістонів у складі нуклеосоми − маємо ще один структурний мотив, який зустрічається і в інших ДНК-зв’язувальних білках, а саме гістонову укладку: одна довга α-спіраль фланкована двома короткими. Димер двох таких укладок взаємодіє з ~2,5 витками подвійної спіралі. У випадку гістонів ця взаємодія не є специфічною: утворюються електростатичні контакти позитивно заряджених амінокислотних залишків з фосфатами ДНК, але з боку маленького жолобка.

Рис. 17. Димер гістонів Н3Н4 (а, 1AOI) і АТ-гак у складі білка HMGA (б, 2EZD).

Другий приклад (рис 17, б) стосується білків HMGA – білків групи високої рухливості (High Mobility Group) типу А (HMG − історична назва для білків різних структурних класів, мається на увазі рухливість при електрофорезі). Білки HMGA взагалі не мають глобулярної структури − є невпорядкованими. Вони містять 3 пентапептидні елементи (Pro-Arg-Gly-Arg-Pro), що називаються АТ-гаками (АТhook). Такий гак добре укладається у звужений маленький жолобок невеликої ділянки подвійної спіралі, збагаченої АТ-парами (тобто АТ-гак має специфічність до невеликих АТ-збагачених сайтів, завдяки чому він і отримав свою назву).

Наступні приклади стосуються дуже важливих випадків взаємодії елементів регулярної вторинної структури білків з маленьким жолобком. Оскільки α-спіраль і дволанцюговий β-шар добре укладаються у великий жолобок, це автоматично означає, що в маленькому жолобку їм не вистачає місця. Відповідно, така взаємодія буде можливою тільки за умови суттєвої деформації подвійної спіралі ДНК (розширення жолобка) − ефект, що має важливі функціональні наслідки.

На рис. 18 зображено досить розповсюджений мотив – HMG-бокс, який, зокрема, входить до складу білків HMGВ (ще один клас білків HMG). Мотив складається з трьох α-спіралей, дві з них (позначені червоним) вбудовуються (інтеркалюють) у маленький жолобок. Це супроводжується розкрученням подвійної спіралі й вигином на ~80° у протилежний щодо білка бік. Серед HMG-боксів є як специфічні до певних послідовностей пар основ, так і неспецифічні.

У складі білка ТВР (TATA-box Binding Protein) − важливого елемента ініціації транскрипції в еукаріотів − досить широкий β-шар взаємодіє з маленьким жолобком подвійної спіралі в зоні ТАТА-боксу − регуляторного елемента послідовності ДНК. Наслідком цієї взаємодії також є значна деформація подвійної спіралі з її розкрученням і значним вигином у протилежний від білка бік (рис. 19).

Вигин, як і у випадку HMG-боксу, підсилюється інтеркаляцією двох гідрофобних амінокислотних залишків між парами основ. У місці інтеркаляції порушуються стекінг-взаємодії та утворюється кінк (kink) − різкий злам подвійної спіралі.

Рис. 18. HMG-бокс у складі білка HMGВ (1J5N).

Рис. 19. ДНК-зв’язувальний домен ТВР у комплексі з ТАТА-боксом (1QNE).

На відміну від розглянутих факторів транскрипції та структурних білків, ферменти, які працюють на ДНК, досить важко описати в термінах простих структурних мотивів. Ферменти використовують складні комбінації різноманітних елементів білкової структури для впізнання ДНК і зв’язування з нею. Два приклади – мономерна ДНК-аза І (неспецифічна ендонуклеаза, яка здійснює одноланцюговий розріз в ділянці маленького жолобка) і гомодимерна рестриктаза EcoRV − зображені на рис. 20.

Рис. 20. Комплекси з ДНК ДНК-ази І (а, 1DNK) і рестриктази EcoRV (б, 1AZ0).


1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 |

Поиск по сайту:



Все материалы представленные на сайте исключительно с целью ознакомления читателями и не преследуют коммерческих целей или нарушение авторских прав. Студалл.Орг (0.004 сек.)