Мобильный генетический элемент (Transposable element)
Участок ДНК, способный изменить свое положение в геноме. Среди таких элементов различают IS-элемен- ты и транспозоны.
M олекуляр! ia я диагноста к a (Molecular diagnostic) В ы и - вление молекулярно-биологическими методами пато- генного микроорганизма, специфического вещества или измененной нуклеотидной последовательности, ответственных за то или иное заболевание.
Моиоклональные антитела (Monoclonal antibodies) Од- нотипные антитела, строго специфичные в отношении одного эпитопа (антигенной детерминанты). Синтези- руются гибридомами — клеточными гибридами, полу- ченными при слиянии нормальных антителообразую- щих клеток с миеломной опухолевой клеткой, способной к неограниченному росту. Некоторые мие-
5 54 Словарь терминов
ломные клетки синтезируют моноклональные тела са- мосгояте л ьно.
Мульч и.ткуснан генетическая карта, карта t цен лен им (Multipoint map, multilocus linkage тар) Схема изаимно- го расположения локусов на хромосомах данного орга- низма.
Мутагенез (Mutagenesis) Искусственное введение мута- ций с помощью физических или химических агентов.
Мутант (Mutant) Организм, измененный в результате мутации; как правило, отличается от исходной формы (дикого типа).
Мутация (Mutation) Спонтанное или индуцированное изменение структуры гена.
Мутация со сдвигом рамки (Fnuneshift mutation) Мута- ция, связанная с появлением лишнего или с потерей одного или нескольких (в числе, не кратном трем) ну- клеотидов. Приводит к нарушению триплетного кода и синтезу совершенно другого белка (если только синтез вообще не блокируется).
Нарушение комплемента риости (Mismatch, mis pa ring) Наличие в двухцепочечной молекуле ДНК одной или нескольких пар некомплементарных оснований.
Негативная регуляция (Negative control) Тип регуля- ции, при котором транскрипция гена подавляется ре- гуляторным белком (репрессором); соответственно при инактивации белка-регулятора структурные гены остаются в активном состоянии.
Независимое распределение генов (Independent assort- ment) Распределение генов, локализованных на раз- ных хромосомах, по гаплоидным гаметам с образова- нием всех возможных комбинаций генов. Лежит в основе закона Менделя о независимом распределении признаков.
Неметаболизирующиеся индукторы (Gratuitous înducers) Вещества, индуцирующие синтез индуцибельных фер- ментов, но не являющиеся для них субстратами, а по- тому остающиеся в исходном виде.
Неомицинфосфотрансфераза (TSeuiiiycinphnsphntransfcrase) Фермент, инактииирующий антибиотики неомипип и канамицин. Часто используется как селективный мар- кер для трансгенных растений.
Неполная пенетрантность (Incomplete penetranee) Час- тичное проявление конкретного аллеля в группе род- ственных организмов. Характерна для большинства мутантных аллелей.
Непрерывная ферментация (Continuous fermentation) Культивирование микроорганизмов при непрерывном добавлении в биореактор среды и выведении такого же объема суспензии.
Нозерн-блоттинг (Nothern Hotting) Перенос молекул РНК, подвергнутых элктроферезу, с геля на твердую подложку {нитроцеллюлозный или найлоновый фильтр) с последующей ДНК—P H К-гибридизацией,
«Нокаут» (Knockout) Направленное разрушение гена с помощью гомологичной рекомбинации.
Нуклеаза SI (SI nudease) Фермент, специфически де- градирующий одноцепочечную ДНК,
Нуклеознд (Nucteoside) Пуриновое или пиримидино-
вое азотистое основание, ковалентно связанное с пя- тиутлеродным сахаром (пентозой). Если сахаром явля- ется рибоза, то мы имеем дело с рибонуклеозидом, а если дезоксирибоза, то с дезоксирибонуклеозидом.
Нуклеотид (Nudeotide) Нуклеозид, к которому присо- единена одна или более фосфатных групп; присоеди- нение происходит по 5'-углеродному атому сахарного кольца. Нуклеозиды, связанные с рибозой, называют- ся рибонуклеозидмонофосфатами (rNMP), рибонук- леозиддифо с фитами (rNDP) или рибонуклеозидтри- фосфатами (rNTlJ). Для нуклеозидов, связанных с дезоксирибозой, соответствующие названия таковы: дезоксирибонуклеозидмоно-, ди- и три фосфаты (dNMP,dNDP,dNTP).
N-конец (N terminus) Первая аминокислота (или не- сколько аминокислот) в белковой молекуле.
Обратная транскриптаза (Reverse transcriptase) РНК- зависимая ДНК-полимераза, использующая молекулу РНК в качестве матрицы для синтеза комплементар- ной цепи ДНК.
Обратная транскрипция—ι юл и неравная ценная реакция (Reverse Ira г se ri ptin n—pol y me rase chain reaction) Способ получения в большом количестве кДНК, состояший из двух этапов. Вначале in vitro синтезируют кДНК, ис- пользуя обратную транскриптазу, мРНК в качестве ма- трицы и oligo(dT) в качестве праймера. Затем кДНК амплифииируют с помощью полимеразной иепной ре- акции (ПЦР), используя два праймера: один компле- ментарен участку первой цепи кДНК, а второй — дру- гой цепи, комплементарной первой,
Одноцепочечный разрыв (Nick) Разрыв фосфод и эфир- ной связи между соседними нуклеотидами в одной це- пи ДНК.
Словарь терминов 555
Окрашивание по Грану (Gram stain) Метод окрашивания микробиологических препаратов, позволяющий иденти- фицировать две группы бактерий: грамположительные и грамотрицательные. Основан на различии биохимиче- ского состава мембран бактериальных клеток.
Олигонуклеотид, олигомер (Oligonuclcotide) Короткий (6—10 нуклеотидов) сегмент одноцепочечной ДНК. Обычно получают химическим путем.
Онкоген (Oncogene) Ген, экспрессия которого приво- дит к неконтролируемой пролиферации (трансформа- ции) клеток.
Оператор (Operator) Участок ДНК, непосредственно примыкающий к структурному гену и регулирующий его транскрипцию при участии репрессора или актива- тора,
Оперон (Оретоп) Участок ДНК, содержащий несколь- ко структурных генов, транскрибируемых с образова- нием одной полицистронной м РНК.
Опнн (Opine) Продукт конденсации аминокислоты с кетокислстой и сахаром.
Оптимизация кодонов (Codon optimization) Модифика- ция кшонов данного гена без изменения аминокислот- ной последовательности кодируемого им белка, напра- вленная на то чтобы кодоны эффективно считывались хозяйским организмом,
Отжиг (Annealing) Процесс образования двухцепочеч- ных молекул (ДНК—ДНК или ДНК—РНК) из одиноч- ных полинуклеотидных комплементарных цепей.
Открытая рамка считывания (Open reading frame) Последовательность нуклеотидов, не содержащая терминирующих кодонов; кодирует полипептид или белок.
«Отпечаток пальцев» (ΠΝΛ fingerprint) Набор рссгрик- циопных фрагмента u ДНК, характерный для данного индивидуума. Для получения «отпечатка» используют либо гель-электрофорез как таковой, либо в сочетании с ПЦР-амплификацией.
Отталкивание (Repulsion) Конфигурация, при которой
два мутантных неаллельных гена находятся на разных хромосомах. Аналогично транс-конфигурации. См. также Сопряжение.
Пакующая клеточная линия (Packaging eel line) Кле- точная линия, созданная для продуцирования вирус- ных частиц, не содержащих инфекционной нуклеино- вой кислоты.
Палиндром (Palindrome) Участок двух цепочечной молекулы ДНК, обе цепи которого обладают одина- ковой нуклеотидной последовательностью при про- читывании от 5'- к 3'- концу. Такие участки часто распознаются рестрицирующими эндонуклеазами типа 11,
Параспоральиый кристалл (Parasporal crystal) Плотно упакованные молекулы токсина, синтезируемые Bacillus thurittgiettsis при образовании спор.
11ассивиый иммунитет (Passive immunity) Форма имму- нитета, возникающая при введении в организм сыво- ротки, содержащей антитела, выработанные другим организмом в результате активной иммунизации. Наб- людается также у новорожденных,
Патогенез-зависимый промотор (Pathogènes! s-related
promotnr) Промотор растительных генов, активизиру- емый при инфицировании растения патогенами.
Пенетрантностъ (Penetrance) Частота проявления дан- ного аллеля в группе родственных организмов. При
полной пенетрантности наблюдается проявление ал- леля у всех членов выборки.
Пептид (Peptidc) Короткая цепочка аминокислот, со- единенных пептидными связями,
Пептидил-тЖ К (Peptirtyl-tKlNA) Молекула тРНК с при- соединенной к ней растущей полипептидной цепью.
Пепгвдиая вакцина (Peptide vaccine) Короткая цепочка из аминокислот, индуцирующая образование антител к специфическому инфекционному агенту,
Пептидная связь (Peptide bond) Ковалентная связь меж- ду свободной карбоксильной группой при α-углерод- ном атоме одной аминокислоты и свободной карбок- сильной группой при таком же атоме соседней аминокислоты в полипептидной цепи.
Первичная культура (Primary culture) Культура клеток или тканей, взятых непосредственно от организма.
Первичный гранскрнпт (Primary transcript) Молекула РНК, трапскрибиронанная с нукаритическош струк- турного гена и не подвергшаяся процессингу (т.е. со- держащая все экзоны и интроны).
Первое антитело (Primary antibody) Антитело, связыва- ющееся с молекулой-мишенью при проведении имму- нологического анализа (например, с помощью метода ELISA).
Периодическая ферментация (Batch fermentation) Куль- тивирование микроорганизмов в течение ограничен-
55с'; Словарь терминов
ного интервала времени. Свежую среду инокулируют посевным материалом и проводят культивирование в непрерывном режиме, не добавляя новых порций сре- ды и не удаляя продуктов, пока процесс не завершится сам собой.
Периодическая фермеитация с добавлением субстрата (Fed-Batch fermentation) Культинириианис микроорга- низмов в течение ограниченного интервала времени с периодическим добавленим субстрата и сбором продук- та только по завершении процесса,
Пернплазматическое пространство (Periplasmatic space) Пространство между плазматической мембраной бак- териальной клетки и наружной мембраной или клеточ- ной стенкой,
Пиримидины (PyrimidiiLc) Один из двухтипов азотистых оснований, входящих в состав нуклеиновых кислот, к пиримидинам относятся тимин, цитгаин и урацил. Второй тип оснований — пурины; к ним относятся аде- нин и гуанин.
Пироген <Pyrogen) Вещество, продуцируемое бакте- риями и вызывающее повышение температуры у че- ло иска.
Плазмида (Plasmid) Внехромосомный генетический элемент, способный к длительному автономному су- ществованию и репликации. Обычно этодвухцепочеч- ная кольцевая ДНК длиной 1—200 т.п.н.
Плазмнда-помшцник (Helper plasmiri) Плазмида, вос- полняющая функции другой шнимидм в той же клет- ке. Некоторые плазмиды-помощники способствуют переносу неконъюгативных плазмид из донорной клетки в реципиентную.
2 мкм-плазмида (2 μιη plasmid) Существующая в при- родных условиях двухцепочечная кольцевая плазмида длиной 6318 п.н., обнаруженная в ядре Saccharomyces cerevisiae. На ее основе получены многие плазмидные векторы для дрожжевых клеток.
Плазмидная несовместимость (Plasmid incompatibility) Механизм регуляции числа копий плазмид одного ти- па в бактериальной клетке. Обеспечивает невозмож- ность внутриклеточного сосуществования плазмид, принадлежащих к одной группе совместимости.
Плазмовирус (Plasnrovirus) Генетическая конструкция, которая содержит ретровирусные гены, находящиеся под контролем 5'-LTR-npoMoropa, a также «терапевти- ческий* ген и ген env, управляемые цитомегаловирус- ным промотором.
Пластида (Hastid) Органелла растительных клеток (на- пример, хлоропласт). Многие пластиды имеют собст- венный геном.
Подвид (Subspescles) Группа в пределах вида, облага- ющая признаками, не характерными для остальной час- ти членов популяции данного вида.
Позитивная регуляция (Positive control) Тип регуляции, при котором регулируемый ген транскрибируется только в присутствии белка-активатора.
Позитивно-негативный mfiop (Positive-negative selection) Методика, при которой одновременно происходит от- бор клеток, несущих вставку в специфическом хромо- сомном сайте (позитивный отбор), и «отбраковка» кле- ток, несущих вставку в другом, неспецифическом сайте.
Позитивный отбор (Positive selection) Отбор клеток по наличию в них маркерного гена, благоприятствующего росту на селективной среде (например, среде с анти- биотиком).
Позиционное картирование (Positional gene cloning)
Одна из стратегий идентификации гена заболевания в отсутствие данных о продукте этого гена и каких-ли- бо генов-кандидатов. В подобных случаях сначала оп- ределяют хромосомную локализацию (позицию) гена. Затем получают геномные клоны, охватывающие кар- тированный сайт {используя соответствующие марке- ры), идентифицируют и анализируют присутствую- щие в них экзоны. Используя целый ряд методов {идентификация GC-островков, улавливание экзо- нов, секвенирование, компьютерный анализ и тл.), определяют, какой именно ген ответствен за данное заболевание.
Позиционно-кавдидатное картирование (Positional-can- didate gene cloning) Одна из стратегий идентификации гена заболевания, когда данные о продукте этого гена отсутствуют, но ген картирован в том же хромосомном районе, что и уже идентифицированные гены и EST. Сначала анализируют современные генетические и транскрипционные карты, с тем чтобы выявить коди- рующие последовательности (гены, внутригенные EST), находящиеся в этом районе, затем с помощью мутационного анализа или какими-либо другими ме- тодами выявляют экзоны, связанные с данным заболе- ванием.
Полиадеиилирование (l'olyadcnylation) Ферментатив- ное присоединении остатков аденина к З'-концу моле- кулы эукариотической мРНК. Этот богатый аденином З'-конец называется ро1у(А)-хвостом.
Словарь-терминов 557
Поливалентная вакцина (Multivalent vaccine) Вакцина, дающая иммунный ответ на несколько инфекционных агентов или на разные эпитопы одной молекулы.
Поликетидсинтаза (Polyketide synthase) Фермент, уча- ствующий в биосинтезе поликетидных антибиотиков.
Поликетидные антибиотики (Polyketidc antibiotics) Класс антибиотиков, которые образуются в результате последовательной ферментативной конденсации кар- боновых кислот (ацетата, пропионата и т.д.).
Полилинкер <Polylinker) Короткий участок ДНК, со- держащий несколько уникальных сайтов узнавания для эндонуклеаз; в эти сайты встраивают чужеродную ДНК (осуществляют клонирование).
Молимеразнан цепная реакция, ПЦГ (Polymcrase chain reaction) Мстил нмплификнции специфического ее г мента ДНК с помощью термостабильной ДНК-поли- меразы с использованием олигонуклеотидных ДНК- зондов, комплементарных последовательностям противоположных цепей ДНК, фланкирующим амп- лифицируемый сегмент. Процесс состоит из серии циклически повторяющихся реакций: денатурации ДНК, отжига зондов, синтеза ДНК,
Полиморфизм длины рестр hi (ионных фрагментов, ПДРФ (Restriction fragment length polymorphism; KFLP)
Вариабельность длины фрагментов ДНК, образую- щихся при ее расщеплении рестриктазами. Обуслов- лена мутационным изменением сайтов рестрикции или появлением новых сайтов. Обнаруживается при разделении фрагментов с помошью гель-электрофо- реза.
Полиморфизм коротких таидемных повторов, STRP (Short tandem repeat polymorphism) Вариабельность блоков из тандемных ди-, три- или тетрануклеотид- ных повторяющихся элементов по числу этих элемен- тов при частоте встречаемости блоков в большой по- пуляции не менее \%. STRP-локусы выявляют с помощью гель-электрофореза после проведения ПЦР с использованием праймеров, комплементарных уни- кальным последовательностям, фланкирующим дан- ный локус.
Полиморфный сайт (Polymorphic site) Участок хромо- сомы, представленный в популяции более чем одним вариантом и встречающийся с частотой не менее 1%.
Полинуклеотцд (Polynudeotide) Линейный полимер, со- стоящий из 20 и более нуклеотидов, соединенных друг с другом фосфодиэфирными связями. Полинуклеотида- ми являются, например, молекулы ДНК и РНК.
Полипептид (Polypeptide) Линейный полимер, состоя- щий из аминокислот, соединенных друг с другом пеп- тидными связями. Полипептидом является, например, белковая молекула.
Полицистронная мРНК (Multigene RNA, polysistronic
message) Молекула мРНК, кодирующая более од- ного белка. Образуется при транскрипции двух или более соседних генов, входящих в состав одного оперона.
Полиэдрин (Folybedrin) Белок капсида бакуловирусов; накапливается в больших количествах в ядрах пора- женных клеток насекомых.
Полное сцепление (Complete linkage) Сонместнос на- следование двух или более соседних генных шжусин и хромосоме. Проявляется отсутствием рекомбинаций между ними и стабильным попаданием в одну гамету при митозе.
Посттрансляционные модификации (Posttranslational modifications) Изменение структуры белковых молекул после завершения их синтеза рибосомами. К таким модификациям относятся: фосфорилирование, глико- зилирование, окисление цистеина, отщепление сиг- нальных последовательностей и тл.
«Правый» элемент оперона (Downstream) Условное на- звание участка, расположенного после сайта инициа- ции транскрипции, в направлении 3' от него.
Праймер (Primer) Короткий олигонуклеотид, который гибридизуется с матрицей и служит затравкой при ее копировании.
Прсдранний ген (Immediate-early gene) Фаговый ген, транскрибируемый сразу же после заражения клеток. Его продукт необходим для транскрипции других ге- нов бактериофага — так называемых задержанноран- них и поздних,
«Прогулка по хромосоме» (Chromosome walking) Метод идентификации нуклеотидных последовательностей, фланкирующих известные гены, для которых имеются опигонуклеотидные зонды. Фланкирующие последо- вательности используются затем в качестве зондов для идентификации прилегающих к ним последовательно- стей, и т.д.
Проект «Геном человека» (Human Genome Project)
Международная программа, целью которой является построение генетической и физической карт генома человека и определение полной нуклеотидной после- довательности ДНК.
558 Словарь терминов
Прокариоты (Procaryotes) Организмы, у которых нет ограниченных мембранами ядра и органелл. К прока- риотам относятся все бактерии.
Промотор (Promoter) Участок молекулы ДНК, с кото- рым связывается РНК-полимераза, что сопровождается инициацией транскрипции соответствующих генов. Обычно находится перед 5'-концом регулируемого гена.
Протеиназы, протеолитические ферменты (Protease) Ферменты, расщепляющие пептидные связи в белко- вых молекулах.
Протеолиз (Proteolysis) Ферментативное расщепление белков.
Протопласт (Protoplast) Бактериальная, дрожжевая или растительная клетка, стенка которой разрушена ферментативным или химическим путем.
Профаг (Prophage) ДНКбактериофага, интегрирован- ная в геном бактериальной клетки-хозяина и реплици- рующаяся вместе с ней.
Процессинг (Processing) Совокупность процессов об- разования зрелых молекул РНК и белков в клетке, Включает ряд последовательных расщеплений моле- кулы-предшественника эндонуклеазой или протеи- назами.
Прочитывание терминатора, сквозное лрочитывание (Readthrough) «Проскакивание» транскрипции через специфический терминатор. Аналогичный термин ис- пользуется и в отношении трансляции.
«Прыжки по хромосоме» (Chromosome jumping) Один из вариантов метода «прогулки по хромосоме», характе- ризующийся тем, что в результате мутации маркерный ген, использующийся для скрининга, перемещается (прыгает), что позволяет выявить новые сцепленные с ним гены.
Нсихрифилы (Psychrophile) Микроорганизмы, способ- ные расти при температуре 0—5 °С.
Пурины (Purine) Один из двух т и пои а:ютистых оси и па- ни и, входящих в состав нуклеиновых кислот; к пуринам относятся вденин и гуанин. Второй тип оснований — пи- римидины; к ним относятся тимин, урацил и цитозин,
Psaidommas широко распространенная грамотрица- тельная бактерия. Многие ее виды, обитающие в поч- ве, продуцируют пигмент, флуоресцирующий в УФ- свете.
Рамка считывания (Reading frame) Один из трех воз- можных способов считывания нуклеотидной последо-
вательности в виде триплетов. Открытая рамка считы- вания не содержит терминирующих колонов и может транслироваться в белок.
Расстояние на генетической карте (Map distance) Pat- стояние между двумя генами, определяемое по частоте рекомбинаций на анализируемом участке. За единицу картирования принимают расстояние между генами, вероятность рекомбинации между которыми равна \% (одной сантиморганиде).
Реактор с механическим перемешиванием (Stirred tank fermenter) Биореактор, в котором для равномерного распределения газа по всему объему используются ме- шалки.
Регуляторный белок (Regulatory protein) Белок, «вклю- чающий» или «выключающий» транскрипцию.
Реком&шантнаяДНК(КесотЫпап1В1ЧА) Молекула ДНК,
полученная объединением in vitro разнородных, вместе нигде в приропр не существующих, фрагментов ДНК.
Рекомбннантная плазмида (Recombinant plasmid) Плаз- мида, измененная методами генной инженерии. Сос- тоит из участков разных плазмид либо содержит сег- менты ДНК других организмов.
РекомбинантиыЙ белок (Recombinant protein) Белок, кодируемый клонированной ре комби нантной ДНК,
Pc пату рация (Rcnaturation) Воссоединение цепей л ну хне π очечной ДНК, разошедшихся при денатура- ции.
Репликативная форма, РФ (Replfcative form) Промежу-
точная форма двухцепочечной вирусной нуклеиновой кислоты, служащая матрицей для синтеза ДНК и РНК. Представляет собой релаксированное (открытое) кольцо.
Репликация (Replication, reduplication) Процесс само- воспроизведения (синтеза) ДНК.
Репликация по типу катящегося кольца (Rolling circle model) Процесс репликации кольцевых молекул ДНК с образованием конкатемерной дуплексной ДНК (ДНК, состоящей из нескольких тандемно повторяю- щихся единиц генома).
Репрессия (Repression) Один из двух альтернативных (наряду с индукцией) механизмов регуляции генов. Состоит в подавлении транскрипции или трансляции путем связывания белка-репрессора с оператором.
Релрессор (Represser) Белок, связывающийся с опера- тором или промотором данного гена и блокирующий связывание с этими элементами РНК-полимеразы.
Словарь терминов 559
Рестрнктаза, рестрицирующая эндонуклеаза (Restriction cndonuclcasc) Бактериальный фермент, расщепляющий двухцепочечную молекулу ДНК в специфических сайтах.
Рссгрикционная карга (Restriction map) Диаграмма расположения на молекуле ДНК сайтов узнавания ре- стриктазами.
Ретровирусы (Retrovinises) Группа РНК-содержащих ви- русов, содержащих обратную транскритггазу; синтезиро- ванная на РНК-матрице двухцепочечная ДНК может встраиваться в хромосому инфицированной этим виру- сом клетки.
Рецессивный аллель (ген) [Recessive alete (gene)] Ал- лель, кодирующий признак, который проявляется только у особей, несущих этот аллель в гомозиготном состоянии.
Рибоза (ffibose) Пятиуглеродный моносахарид. Входит в состав РНК.
Рибознм (Ribozyme) Молекула РНК, обладающая фер- ментативной активностью.
Рибонуклеиновая кислота, РНК (Ribonucleic acid, RNA)
Нуклеиновая кислота, состоящая из рибонуклеотидов, у которых сахаром является рибоза, а одним из пири- мидинов — урацил (вместо тимина),
Рибосома (RlMttome) Клеточная органелла, рибонук- леопротеидная частица, при участии которой осущест- вляется синтез белка (трансляция). Состоит из двух субчастиц, большой и малой.
Рибосомная РНК, рРНК (Ribosomal RNA, rRNA) РНК,
входящая в состав рибосом.
Гибулозо 1,5 йисфосфат-карбоксилаза (Rjbulozo bis- phosphate carboxylasc) Наиболее распространенный фермент, присутствующий в тканях всех зеленых рас- тений и ответственный за связывание диоксида угле- рода на начальном этапе фотосинтеза.
Ризосфера (Rhizosphere) Слой почвы, непосредствен- но примыкающий к корням растений и характеризую- щийся повышенным содержанием микроорганизмов.
РНК-полимераза (RNA polymerase, RNA synthetase)
Фермент, осуществляющий синтез РНК из рибонукле- озидтрифосфатов. Матрицей может служить ДНК или РНК, соответствующие РНК-полимеразы называют ДНК- или РНК-зависимыми.
Rec А Бактериальный белок, участвующий в рекомби- нации и репарации ДНК,
Rhlzobium Вездесущие бактерии, обитающие в корнях растений или в примыкающем к ним слое почвы.
Сайг встраивания (клонирования) (Cloning site) Специ- фический участок векторной молекулы, к который встраивают фрагмент чужеродной ДНК. Очень часто это уникальный сайт рестрикции.
Сайт рестрикции (Restriction site) Нуклеотидная пос- ледовательность в молекуле ДНК, узнаваемая рестри- ктазой. Обычно представляет собой короткий палин- дром.
Сайт-специфический мутагенез (Site-specific itiutagene- sis) Внесение in vitro мутации в конкретный сайт кло- нированной последовательности. Позволяет иденти- фицировать функциональные участки в молекулах белков и получать белки с заранее заданными свойст- вами. Иногда называется олигонуклеотид-направлен- ным мутагенезом.
Самореплицирующийся элемент (Sdf-replicating element) В нехромосомная молекула нуклеиновой кислоты, способная к независимой от хромосомной ДНК (авто- номной) репликации. Примером такою элемента слу- жит плазмида,
Сантиморганида, сМ (Centimorgan) Единица измере- ния расстоянии на генетической карте. 1 сМ соответст- вует расстоянию между генами, рекомбинация между которыми происходит с частотой \%. Для хромосом человека 1 сМ равна примерно 106 п.н. Эта единица была введена Т.Мограном, когда он проводил экспе- рименты по изучению генетического сцепления у Drosophila.
Саузери-блоттинг (Southern blotting) Обнаружение спе- цифических нуклеотидных последовательностей путем переноса денатурированных молекул ДНК, подвергну- тых электрофорезу, с агарозного геля на нитроцеллю- лозный или наилоновый фильтр за счет капиллярного эффекта и гибридизации с меченым зондом, компле- ментарным искомой последовательности.
Секвенирующий гель (Sequencing gel) Длинная пласти- на полиакриламидного геля, позволяющая проводить электрофоретическое разделение олиго- и полинук- леотидов, различающихся подлине всего на 1 нуклео- тид.
Секреция (Secretion) Выведение веществ из клетки во внешнюю среду.
Селекция (Selection) i, Наука о методах создания но- вых сортов культурных растений и пород животных.
560 Словарь терминов
2. Отбор нужных организмов (клеток) в смешанной популяции.
СЕРН {Centre d'Etude de Polymorphisme Humain)
Центр по изучению поли морфиамн у человека, нахо- дящийся в Париже. Располагает базой данных по ге- нетической и молекулярно-генетической изменчиво- сти популяций человека из большинства регионов земного шара.
Серстип (Serotype) Антигенная характеристика клетки (бактерии, клетки крови и т.д.), установленная на ос- нове ее взаимодействия с антителами.
Сибсы (Sibses) Прямые потомки одних и тех же роди- телей (братья и/или сестры).
Сигма-фактор (Sigma factor) Бактериальный белок, об ус печи паю щи и узнавание ДНК-полимеразой ее уча- стка связывания в молекуле ДНК и инициацию транс- крипции.
Сигнал полиадетитрования (Polyadenylation sygnal) Нуклеогидная последователи ι петь, ответственная за окончание транскрипции и детерминирующая фер- ментативное присоединение остатков адеиина к З'-концу молекулы мРНК.
Сигнальная последовательность (Signal region, initiator element) Нуклеогидная последовательность в гене, служащая местом связывания белка (фактора транс- крипции), который регулирует транскрипцию.
Сигнальный пептид, сигнальная последовательность, лн- дериый пептид (Signal peptirie) N-концевой участок белковой молекулы длиной 15—30 аминокислот, обес- печивающий секрецию белка (перенос через мембра- ну). После секреции этот участок отшепляется от бел- ковой молекулы.
Скдерофор (Siderophore) Низкомолекулярное вещест- во, эффективно связывающее железо. Синтезируется многими почвенными микроорганизмами, обеспечи- вая их железом, которое затем поставляется растени- ям, находящимся с этими микроорганизмами в симби- отических отношениях.
Симбиоз (Symbiosis) Сосу шествование разных орга- низмов, при котором каждое из них выполняет свои функции, В некоторых случаях взаимовыгодно.
Синдром (Syndrome) Совокупность ряда симптомов (признаков), характерных для данного заболевания.
Система комплемента (Complement cascade) Серия по- следовательных процессов активации комплемента
(сложного белкового комплекса сыворотки крови) и ферментативных реакций, запускаемая в ответ на об- разование комплекса антиген—антитело.
Скрещивание (Gross, crossing, mating) Однократное скрещивание генетически различающихся организмов.
Скрининг (Screening) Метод (или комплекс методов) идентификации единичного объекта (особи в популя- ции, клетки с искомыми свойствами, участка нуклео- тидной последовательности и т.д.) путем перебора большого числа объектов.
Соматическая клетка (Somatic cell) Любая неполовая клетка многоклеточного организма.
Сопряжение (Coupling) Конфигурация, при кото- рой две доминантные или две рецессивные формы двух разных генов находятся на одной хромосоме. Аналогично цис- конфигурации. Си. также Оттал- кивание.
Сплайсинг (Splicing) Вырезание из предшественника мРНК интронов и кова-'ienTHoe соединение экзонов с образованием зрелых молекул мРНК.
Стационарное состояние (Steady state) Состояние не- прерывного процесса ферментации, при котором чис- ло клеток, удаляемых из ферментера и поступающих в него, одинаково,
Стволовые клетки (Stem cells) Митотически активные стволовые клетки, в результате деления которых про- исходит замещение погибших клеток в многоклеточ- ном организме.
Структурный ген (Structural gene) Ген, кодирующий какой либо белок.
Ступенчатый разрыв (Staggered cut) Разрезание двуше- почечной ДНК, при котором разрывы в комплемен- тарных цепях располагаются не строго один напротив другого, а немного смешены.
Субклонирование (Subcloning) Перенос части уже кло- нированной молекулы ДНК в другой клонирующий
вектор.
Субстрат (Substrate) Вещество, превращение которого катализируется специфическим ферментом.
Суотплизин (Subtilisin) Протеолетический фермент, синтезируемый клетками Bacillus substilis.
Субьединичная вакцина (Subunit vaccine) Вакцина, со- держащая лишь отдельные компоненты патогенного ми кроорганизма.
Словарь терминов 561
Супрессия (Supression) Восстановление утраченной ге- нетической функции, обусловленное подавлением эф- фекта одной мутации под действием второй.
Сцепление (Linkage) Взаимосвязанная передача от клет- ки к клетке генов, локализованных на одной хромосоме.
CG-островки, HTF-островки (CpG islands, Hpall tiny fragments) CG-богатые последовательности размером до нескольких сотен пар; фланкируют с 5'-конца мно- гие транскрибируемые гены позвоночных и содержат сайты рестрикции для ffpal],
Cos-сайты (Cos-sites) Нуклеотилные последователь- ности на концах генома фага λ, необходимые для упа- ковки ДНК в фаговые частицы.
Тавдемный повтор (Tandem array) Нуклеотидная пос- ледовательность, состоящая из нескольких одинако- вых элементов, соединенных «голова-к-хвосту».
ТАТА-бокс (TATA box) Участок, располагающийся в
промоторной области генов эукариот за 25 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции, с которым связыва- ется РНК-полимераза. Другое название — бокс Хогнес- са. Аналогом у прокариот служит бокс Прибнова.
Т-ДНК (T-DNA) Фрагмент Ti-плазмиды, который встраивается в ядерную ДНК клетки-хозяина и ста- бильно наследуется ею. Вызывает образование опухо- ли у растений (корончатого галла).
Тельца включения (Inclusion bodies) Мелкие частицы из кристаллизовавшегося белка, образующегося в из- быточном количестве в бактериальной клетке при за- ражении ее вирусом или при встраивании вирусного генома в ДНК клетки-хозяина. Их наличие свиде- тельствует о патологических изменениях в клетке.
Температура плавления, Тт (Melting temperature) Тем- пература, при которой происходит разрыв половины водородных связей в полинуклеотидном дуплекс«.
Терминальная трансфера ΐ a (Terminal traiisfcrasc, dcoxynucleotidyl transfcrase) Фермент, ката.11 и пирую- щий присоединение к З'-концу молекулы ДНК дезок- синуклеозидмонофосфатов. Используется для клони- рования кДНК при участии комплементарных гомо пол и мерных «хвостов» [poly (A) — poly (T)J.
Терминадия (Termination) Остановка синтеза макро- молекулы.
Терминирующий кодом (Terminating codon) Кодон, опре- деляющий окончание (терминацию) синтеза полинук- леотидной цепи. Обычно это кодоны UAA, UAG и UGA,
Термофильный (Thermophylic) Характеризует теплолю- бивые организмы, обычно растущие при температуре выше 50 "С. Некоторые термофильные организмы мо- гут расти при температуре от 90 до 100'С.
Тимидилатсинтаза (Thymidylate synthase) Фермент, ка- тализирующий метилирование урацила с превращени- ем его втимин.
Тимни, Т (Thymîne) Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК.
Тканевый активатор плазминогеиа (Tissue plasminogen activator) Белок, участвующий в разрушении сгустков крови,
Т-клетки (Т cells) Лимфоциты, играющие ключевую роль и иммунном ответе.
Ти-лимфоциты, Т-хеллеры (Тн-lymphocytes, helper cells) Т-лимфоциты, играющие основную роль в узнавании чужеродного антигена.
Трансгенный организм (Transgenlc organism) Орга- низм, геном которого содержит чужеродный генети- ческий материал, включенный методами генной ин- женерии.
Трансгеию (Transgenesis) Введение чужеродного гена в растительную или животную клетку и его передача в ряду поколений,
Трансдукция (Transduction) Перенос генетического ма- териала из олной бактериальной клетки в другую с по- мощью бактериофага.
Транскрипт (Transcript) Молекула РНК, синтезиро- ванная на специфической ДНК как на матрице.
Транскрипционное картирование (Transcription mapping) «Привязка» индинилуальных транскриптон (клином кДНК или экспрессированных последовательностей- мишеней) к хромосомным районам с п«мшц(,ю метода флуоресцентной гибридизации in situ, ИЦР и т.д.
Транскрипция (Transcription) Проиесс синтеза РНК, катализируемый РНК-полимеразой, в котором в каче- стве матрицы используется одна из цепей ДНК.
Транслокация (Translocation) 1. Хромосомная пере- стройка, заключающаяся в переносе участка хромосо- мы в новое положение на той же или на другой хромо- соме или в переносе целой хромосомы на другую хромосому. 2. Перемещение молекулы мРНК во время трансляции на один кодон.
562 Словарь терминов
Трансляция (Translation) Синтез полипептидной цепи рибосомой с использованием в качестве матрицы мРНК.
Трансляция in vitro (In vitro translation) Синтез бел- ков, который осуществляется либо на очищенной ДНК с использованием бактериальных экстрактов, либо на мРНК с использованием экстрактов зароды- шей пшеницы или ретикулоиитов кролика. Экстрак- ты содержат рибосомы, тРНК и белковые факторы; в реакционную смесь добавляют также ATP, GTP и аминокислоты.
Транспозаза (Transposas*) Фермент, участвующий в транспозиции (перемещении из одного сайта вдругой) некоторых мобильных генетических элементов.
Транспозиция (Transposition) Перемещение мобильно- го генетического элемента из одного локуса в другой.
Транепозоны (Transposons«) Мобильные генетические элементы, несущие структурные гены, которые детер- минируют функции, не связанные с самим процессом перемещения (например, гены устойчивости к анти- биотикам).
Транспортная РНК, тРНК (Transfer RNA) Молекула РНК, выступающая в роли адаптера при специфиче- ском переносе аминокислот к растущей полипептид- ной цепи в процессе трансляции.
Трансфекцня (Transfectlon) Искусственное введение в эукариотические клетки изолированных молекул ДНК.
Трансформация (Transfonnation) l. Перенос генетической информации в бактериальные клетки с участием плаз- мид или без них, но всегда — без участия вирусов; часто приводит к изменению фенотипа реципиентной клет- ки. 2. Превращение нормальных клеток животных в опухолевые.
Трихлоруксусная кислота, ТХУ (TrichloracetJc acid) Ор- ган ическое соединение, часто использующееся для осаждения белков и нуклеиновых кислот.
Тупой конец (Blunt end) Конец двухиепочечной моле- кулы ДНК, у которого не выступает ни одна из цепей.
Ti-плазмида (Л plasmid) Плазмида почвенной бакте- рии Agrobacterium tumefaclens, Т-участок которой спо- собен включаться в их ядерную ДНК, что приводит к образованию опухолей.
Ту-элемент (Ту dement) Мобильный генетический элемент дрожжей (от англ. Tparnsposon of yeast).
Улавливание экзона (Exon trapping) Метод идентифика- ции и клонирования экзонов из геномных клонов. Фраг- менты геномной ДНК (1-6 т.п.н.) встраивают в поли- линкер вектора, расположенный внутри интрона, фланкированного двумя мезонами. Полученным искус- стиенным геном (экзон 1-интрон-экзон 2) трансфици- руют клетки Е.соК, в которых происходит его транскрип- ция и сплайсинг мРНК. Если в интроне присутствует экзон, то зрелая мРНК будет иметь большую длину, чем ожидалось. мРНК можно подвергнуть обратной транс- крипции, провести ПЦР и выделить экзон,
Урацил, U (Uracil) Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав РНК.
Устойчивые клеточные линии (Established tell lines) Куль- туры клеток, способные к неограниченному росту in vitro. Получаются из перевиваемых клеточных культур, часть клеток которых приобретают селективные преи- мущества и обладают повышенной скоростью роста.
Участки, определяющие комплементарность, CDR (Complementary-determining regions) Гипервариабель- ные области вариабельных участков легкой и тяжелой цепей антитела, образующие антигене вязы вающие иентры молекулы антитела.
Фактор транскрипции (Transcription factor) Белок, по- могающий Р11К-полим<;рал: прийти все этапы транс- крипции и обеспечивающий избирательность этого процесса.
Феннлкетонурия (ITienyl ketonuria) Наследственное за- болевание, характеризующееся нарушением миелини- зации нервных волокон, снижением количества мела- ноиитов, судорогами, умственной отсталостью и тл. Обусловлено нарушением обмена фен ил алан и на вследствие дефииитафенилаланилгидроксилазы. Нас- ледуется по аутосомно-рецессивному типу.
Фенотип (Phenotype) Совокупность всех признаков особи, формирующаяся в процессе взаимодействия ее генотипа и внешней среды.
Феноч имическое смешивание (Phciintypic mixing, pseurto- ty ne for πι ati o n) t J G ρ а\ю пи 11 и с пи ρ усн ых ч асти π в ρ езуп ь- тате упаковки генетического материала одного штамма вируса в белковый капсид другого при смешанной ин- фекции.
Ферментации (Fermentation) В промышленной микро- биологии — крупномасштабное культивирование мик- роорганизмов в специальных емкостях (ферментерах, биореакторах).
Словарь терминов 563
Ферментный нммуносорбентный анализ, E LIS A (Enzyme-linked Immunosorbent assay) Метод обнаруже- ния специфических молекул в образце. Образец фик- сируют на твердой подложке и добавляют антитело, специфичное к маркерной молекуле (первое антите- ло). Несвязавшиеся молекулы первого антитела смы- вают и добавляют второе антитело, специфически связывающееся с первым. Ко второму антителу при- соединен фермент, превращающий неокрашенный субстрат в окрашенный продукт. Добавляют неокра- шенный субстрат и проводят количественное опреде- ление окрашенного продукта.
Ферредоксин (Ferredoxin) Железосерный белок, пере- носчик электронов.
Фертильность (Fertility) Способность организмов при- носить жизнеспособное потомство.
Физическая карта (Physical map) Расположение генов на хромосоме, установленное с помощью различных методов (электронная микроскопия, секвенирование, рестрикциошюе картирование). Расстояние на такой карте измеряется в числе пар нуклеотидов.
Фиксация азота (Nitrogen fixation) Превращение атмос- ферного азота в аммиак. Катализируется ферментом нитрогеназой, обнаруженным только у прокариот,
Фитогормон (Phytohormone) Вещество, стимулирую- щее рост растений или другие процессы. Примеры: ауксин, цитокинин, этилен и т.д.
Фитопатогены (Phytopathogen) Организмы (грибы, бактерии, вирусы), вызывающие заболевания у рас- тений.
Флавононды (Flavonoids) Фенольные соединения, синтезируемые растениями. Их структурную основу составляют два ароматических кольца, соединенных трехуглеродным мостиком. Отвечают за пигментацию растений, защищают их στ грибов и насекомых.
Флуоресцеин (Fluorescein) Флуоресцирующий краси- тель, часто использующийся в качестве метки для ан- тител. Позволяет визуализировать антитела после их связывания с антигеном.
Флуорофор (Fluoropbore) Химическая группа, ответст- венная за флуоресценцию данного соединения,
Фосфдиафирная связь (Phosphodiester bond) Связь между фосфатными группами при 3'- и 5'- углерод- ных атомах соседних нуклеотидов одной полинуклео- тидной цепи.
Фотосинтез (Photosyntesis) Процесс превращения клетками высших растений энергии видимого света в энергию химических связей, сопровождаемый образо- ванием органических соединений и кислорода из диок- сида углерода и воды.
Фрагмент Климова (Kk-miv fragment) Более крупный из двух фрагментов ДНК-полимсразы I E.coli, образую- щийся при ее протеолитическом расщеплении. Сохра- няет полимеразную активность в направлении 5'-»3' и экзонуклеазную - в направлении 3'-»5'. Использует- ся, в частности, при секвенировании ДНК.
Фрагментация ДНК (Shearing) Разрыв молекул ДНК под действием гидродинамических сил (например, при пропускании раствора ДНК через иглу шприца). Гид- родинамические силы в растворе возникают в резуль- тате скольжения одного слоя жидкости относительно другого. 1 | 2 | 3 | 4 | Поиск по сайту:
|